泳池水处理中的消毒有两层含义，一是在水处理过程中消毒杀菌;二是处理后的池水要一定浓度的游离性氯，使回到泳池中的池水在一个循环周期内仍然具有持续杀菌的作用。
一、氯消毒：是目前泳池领域最常用的消毒方式，经常使用氯消毒剂有氯气、次氯酸钠、次氯酸钙(钠法)、氯片、氯异氰尿酸、三氯异氰尿酸。氯气虽然最适合于游泳池，也是所有氯消毒方式中最经济、效果最好的消毒剂，但由于它属于危险品，国家管理很严，因此目前采用的是越来越少。其它氯消毒剂由于化学成分不同，因而应针对不用地域、不同性质的泳池加以使用，比如在源水硬度偏高的北方，宜采用氯气、次氯酸钙等偏酸性的消毒剂，而在源水硬度偏低的南方，宜采用次氯酸钠等偏碱性的消毒剂。
二、氧化氯消毒：二氧化氯消毒是近年来新兴的消毒方式，它分化学法和电解法两种类型，化学法使用的原料是盐酸，电解法使用的原料的氯化钠，在泳池消毒中一般采用电解法二氧化氯消毒，而不宜采用化学法二氧化氯消毒，这是因为用化学法产生的二氧化氯是一种有选择性的强氧化剂，它在消毒杀菌过程中不与有机物发生反应，往往会出现水体色度及尿素超标的问题，而电解法产生的二氧化氯通过电解食盐产生氯气、二氧化氯、臭氧、过氧化氢等多种强氧，并且在使用中不用再辅以长效氯消毒剂。
三、臭氧消毒：臭氧是最好的消毒方式，具有杀菌速度快、降解有机污染、提高水体透明度等诸多优点，但在泳池水处理领域，由于它的半衰期很短，不具备长效消毒的作用，因而使用时必须辅以氯制剂为长效消毒剂。另外，臭氧消毒还存在初期投资大、运行费用高的问题，所以目前还难以在群众性的体育场所普及使用。
四、紫外线消毒：目前在国内泳池水处理领域中还很少采用，在使用时应辅以氯制剂为长效消毒剂。
采用其它消毒剂用于游泳池和水上乐园的吃水消毒时，应取得当地卫生部门的批准。
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